Dňa 23.11.2000 bol vtedajšiemu Dómu sv. Egídia v Bardejove udelený titul  Baziliky minor rozhodnutím Kongregácie pre bohoslužby a vysluhovanie sviatostí so všetkými právomocami a liturgickými povoleniami. Kongregácia pre bohoslužby a vysluhovanie sviatostí v Ríme toto oprávnenie mala na základe právomocí, ktoré jej udelil vtedajší pápež Ján Pavol II.

Ustanoveniu Baziliky v Bardejove predchádzala oslava storočnice konsekrácie Dómu sv. Egídia v Bardejove v júni 1999 za účasti vtedajšieho apoštolského nuncia na Slovensku J. E. Mons. Luigi Dossenu, ktorý bol nadšený krásou vtedajšieho Dómu sv. Egídia a vyjadril názor, že tento chrám má predpoklady stať sa Bazilikou minor.

Žiadosť o udelenie titulu Baziliky minor pre Dóm sv. Egídia v Bardejove bola vypracovaná v júli 1999 a po podpise vtedajším košickým arcibiskupom – metropolitom Mons. Alojzom Tkáčom bola odoslaná na Kongregáciu pre bohoslužbu a vysluhovanie sviatostí. Následne si apoštolská nunciatúra vyžiadala údaje o chráme a vyplnený a spracovaný dotazník bol odoslaný apoštolskému nunciovi v septembri 1999. Súčasťou dotazníka bola kniha vydaná pri príležitosti stého výročia konsekrácie s názvom „Chrám sv. Egídia v Bardejove” od autorov Gabriel Drobniak – Alexander Jiroušek, v ktorej bola bohatá fotodokumentácia potrebná pri skúmaní žiadosti.

Poslednou podmienkou pre ustanovenie Baziliky v Bardejove bolo odporúčanie  Konferencie biskupov Slovenska. Toto odporúčanie bolo doručené do Ríma v septembri 2000. Následne Kongregácia pre bohoslužbu a vysluhovanie sviatostí svojim dekrétom udelila 23.11.2000 kostolu v meste Bardejov, zasvätenému sv. Egídiovi titul Baziliky minor.

Slávnostné povýšenie Dómu sv. Egídia na Baziliku minor prebehlo dňa 29.9.2001 za prítomnosti vtedajšieho apoštolského nuncia na Slovensku J.E. Mons. Henryka Józefa Nowackeho. Počas sv. omše bolo v latinčine a slovenčine prečítané Apoštolské breve vyhlásenia Dómu sv. Egídia v Bardejove za Baziliku minor a dekrét o ustanovení vtedajšieho dekana vdp. ThDr. Jozefa Jurka za pápežského kaplána.